E’ dedicato al secondo Patrono di Gallipoli, il cui culto risale al secolo XIV, ed è l’altare della Municipalità Gallipolitana; lo testimoniano le insegne civiche a rilievo sui due basamenti delle colonne esterne che inquadrano l’altare stesso, alla sommità del fastigio ed al centro del timpano, ed è pure riferito dal Ravenna: “…Construxit Magnificam Cappellam Universalitas Dictae Civitatis ad Honorem Sancti Sebastiani Pro Divotione Populi”.

Inoltre leggiamo ancora:

D.O.M. DIVO SEBASTIANO PROTECTORI CIVITAS GALLIPOLIT POSUIT A.D. MDCCXXI

Architettonicamente, questo altare ripete la struttura dell’altare dedicato a S. Agata: recinzione con balaustra a colonnine sagomate in marmo policromo; mensa ed alzato ugualmente in marmo con intarsi : due basamenti laterali per parte, dai quali si innalzano due colonne rudentate con capitelli compositi, sul cui abaco poggiano le parti esterne di un timpano curvilineo e che, in corrispondenza delle colonne laterali esterne, recano un pinnacolo ad intagli; tra le colonne binate sono inseriti due dipinti per marte: raffigurano S. Isidoro e S. Oronzo, a sinistra, S. Rocco e S. Gennaro, a destra, attribuiti a Nicolò Malinconico. Sul fronte di ciascun basamento esterno è incastonato uno scudo a stucco con corona e palme, simboli del martirio e della gloria di S. Sebastiano.

In aderenza alla parete, oltre le colonne esterne una mensola a volute funge da base ad una cornicetta in pietra con pinnacolo superiore, entro la quale è racchiuso un piccolo dipinto di S. Fausto, a destra, e di S. Biagio sulla sinistra.

Gran parte della struttura abbonda di decorazioni in oro.

La tela, che occupa l’intero dossale, ritrae il martirio di S. Sebastiano, opera dovuta sicuramente a Nicola Malinconico. Non vale, perciò, “attribuzione del dipinto a Carlo Malinconico, figlio di Nicola, venuto a Gallipoli alla morte del padre a continuare il lavoro; se è vero infatti, che nel S. Sebastiano non si scorgono la piena magnificenza e l’inconfondibile luminosità delle opere di Nicola Malinconico che ornano tanta parte della Cattedrale, è pur vero che la tela in parola non presenta quel “. .certo indurimento nei tratti e la notevole stanchezza di fattura” che invece caratterizzano le opere di Carlo Malinconico

Anche il nostro L. Franza precisa che “…il quadro di S. Sebastiano è del Cav. Nicola Malinconico e si badi bene a non confonderlo con Carlo Malinconico…”

La vicenda conclusiva della vita del Santo è resa, nell’interpretazione pittorica dell’artista napoletano, con quel vivo realismo che scaturisce dal perfetto disegno anatomico del personaggio principale, dal morbido panneggio che riguarda le figure femminili, dalla ben dorata prospettiva dell’insieme della scena.

Il Santo, appena coperto da un bianco drappo intorno ai fianchi, è al centro del dipinto, in piedi, al sommo di una scalinata; ha il braccio destro costretto all’indietro e quello sinistro sollevato sino all’altezza della testa, entrambi legati con lacci ad un tronco d’albero ; tutt’intorno sono i carnefici intenti ad eseguire la fase preparatoria del martirio, che sarà completata dalle frecce saettate dagli arcieri.

Un po’ più all’esterno, a destra o a sinistra, ed anche verso la parte inferiore del dipinto, figure maschili e femminili, soldati e popolani assistono con diversa partecipazione alla vicenda; alcuni con emozione, altri con evidente scherno, altri ancora con visibile dolore.

Un insieme che arieggia in parte lo schema composito della tela del martirio di S. Agata, ma che non la uguaglia.