La cappella di S. Giuseppe risulta eretta sul luogo in cui Mons. Cybo nel 1600 trovò la cappella di S. Elia “discopertam et quo tegmine inferiore cecidit in totum”, motivo per cui quel vescovo ne aveva sequestrato le rendite, con l’ordine di svincolarle solo per l’esecuzione delle riparazioni necessarie.
Priva di beni immobili e di censi, la confraternita era stata amministrata nella prima metà del XVIII secolo dai Confratelli dell’Immacolata Concezione che il giorno di San Giuseppe di ogni anno ne eleggevano il Priore. Nel 1887, il Vescovo di Gallipoli, mons. Enrico Carfagnini, con decreto del 22 novembre, riaprì l’antica Chiesa confraternale, ricostituendone la confraternita, che dotò di un nuovo statuto da applicare alla scadenza dei successivi tre anni, riservandosi nel frattempo la nomina del Priore e degli Amministratori e confermando infine l’uso dell’antico abito confraternale.
A seguito della legge 7.7.1866 di soppressione degli ordini religiosi, la Chiesa ex conventuale delle Clarisse venne concessa dal Demanio al Comune di Gallipoli con l’obbligo di garantirne l’esercizio del culto. Il 29 marzo 1904 lo stesso Comune concessionario cedette, con atto pubblico del 29.3.1906, la Chiesa alla confraternita di S. Giuseppe che ne prese possesso il successivo 30 ottobre. In essa furono montati gli stalli confraternali in legno al di sotto della cantoria, costruita nell’ottobre del 1907.
L’abito confraternale è costituito da camice e cappuccio bianco con mo/zetta di tela gialla con bordino di colore violaceo sulla quale sono applicate le macchette di S. Giuseppe e dei Santi Apostoli Pietro e Paolo.
Il Consiglio di amministrazione della Confraternita è attualmente presieduto dalla Priora Sig.